El Centro Nacional de Investigación sobre la Evolución Humana (CENIEH) dispone desde junio de 2009 de un edificio propio ubicado en el corazón de la Ciudad junto al Paseo Sierra de Atapuerca, que con el Museo de la Evolución Humana y el Palacio de Congresos completa un complejo arquitectónico y funcional de especial relevancia a nivel nacional e internacional. Todo el conjunto, incluido el edificio del CENIEH, ha sido diseñado por el arquitecto Juan Navarro Baldeweg.
La construcción y equipamiento del CENIEH es fruto del esfuerzo conjunto realizado por el Ministerio de Ciencia e Innovación, la Junta de Castilla y León, y la colaboración del Ayuntamiento, por dotar al ámbito de la Evolución Humana de un entorno óptimo para la investigación. Para ello dispondrá de las últimas tecnologías y albergará entre otros equipamientos, tres grandes áreas de laboratorios, otras salas y módulos de investigación, una biblioteca y los espacios donde se han de ubicar las colecciones de fósiles y registros líticos en las más adecuadas condiciones de almacenamiento y seguridad. Además, cada Programa de Investigación contará con el equipamiento científico más adecuado e innovador para llevar a cabo sus investigaciones.