La colección arqueo-paleontológica (AP) del CENIEH está compuesta por fondos procedentes de los yacimientos de la Sierra de Atapuerca, en depósito temporal, según se establece en el Convenio firmado para este fin entre el CENIEH, la Consejería de Cultura y Turismo de la Junta de Castilla y León y la Fundación Siglo para el Turismo y las Artes de Castilla y León. Dichos fondos incluyen fósiles humanos, fauna y piezas líticas de niveles Pleistocenos de los yacimientos Galería, Gran Dolina, Trinchera Penal, Sima del Elefante, Cueva Fantasma y Sima de los Huesos.
La colección AP se incrementa año a año con el depósito de nuevos fondos de acuerdo a un calendario previamente establecido. Dichos fondos deben ser inventariados y catalogados tras su depósito. El enorme volumen de estos fondos y el tiempo necesario para esas operaciones provoca normalmente que exista una demora de un año entre su fecha de depósito y su puesta a disposición de la comunidad científica para su consulta. Por ello, según lo programado, los fondos estarán disponibles de acuerdo al siguiente calendario orientativo:
2021.
Fauna
Gran Dolina. Nivel TD6 de 1994 a 1996. Varios niveles de las campañas 2000 a 2005
Covacha de los Zarpazos. Campañas 2000 a 2005
Galería. Campañas 2000 a 2002
Sima del Elefante. Campañas 1992-2012
Fragmentos óseos del revuelto superior de la Sima de los Huesos. Campañas 1983-1992
Industria Lítica
Gran Dolina. Campañas 2000 a 2005
Covacha de los Zarpazos. Campañas 2000 a 2005
Galería. Campañas 2000 a 2002
Sima del Elefante 2000 a 2005
Fósiles Humanos
Mandíbula y Falange Humanas de la Sima del elefante.
Parietal Humano de Cueva Fantasma.
Fósiles Humanos de gran Dolina TD6.
Fósiles humanos correspondientes a manos y pies procedentes de la Sima de Los Huesos.
Bolsas con sedimento lavado, sin triar, procedentes de los yacimientos de Covacha de los Zarpazos, Sima del Elefante, Galería, Gran Dolina, Portalón de Cueva Mayor, Sima de los Huesos y Trinchera Penal, de campañas realizadas entre 1989 y 2010.
2022
Fauna
Gran Dolina. Campañas 1985-1999 y 2006-2008
Galería. Campañas 1985-1999 y 2006-2008
Covacha de los Zarpazos. Campañas 1985-1999 y 2006-2008
Sima del Elefante. Campañas 1985-1999 y 2006-2008
Industria lítica
Gran Dolina. Campañas 1985-1999 y 2006-2008
Galería. Campañas 1985-1999 y 2006-2008
Covacha de los Zarpazos. Campañas 1985-1999 y 2006-2008
Sima del Elefante. Campañas 1985-1999 y 2006-2008